Con Descartes comienza una filosofía nueva, moderna. Donde la Edad Media buscaba apoyo en la autoridad y en la fe, Descartes se resolvió a reconstruirlo todo desde cero — sobre un fundamento del que no se pudiera dudar. Su método es audaz: dudar absolutamente de todo, hasta que quede algo por completo indudable.
Y duda radicalmente. Los sentidos engañan — luego no cabe fiarse del mundo que nos rodea. ¿Y si estoy dormido y todo esto es un sueño? ¿Y si hasta las matemáticas me las ha implantado un «genio maligno», un embaucador, y dos más dos solo parece ser cuatro? Todo puede ponerse en cuestión. Todo — salvo una cosa.
Mientras dudo, pienso; y mientras pienso, indudablemente existo. Aunque el genio me engañe en todo, tiene que haber alguien a quien engaña. «Pienso, luego existo» (cogito ergo sum): este es el punto inconmovible desde el cual Descartes reconstruye de nuevo todo el saber. Por primera vez el apoyo se encuentra no en Dios ni en el mundo, sino en el propio «yo» pensante.
Desde ahí restaura el mundo: puesto que hay en mí la idea de un Dios perfecto, y un ser imperfecto no habría podido engendrar por sí solo semejante idea, se sigue que Dios existe. Y un Dios bueno no me engañaría totalmente — y así el mundo, conocido clara y distintamente, merece confianza. De este modo, para Descartes Dios es el garante de la certeza del conocimiento.
Su principal legado (y su principal problema) es el dualismo. Hay dos sustancias enteramente distintas: la pensante (el espíritu, el alma, el «yo») y la extensa (la materia, los cuerpos). El cuerpo es una máquina, un mecanismo que funciona según las leyes de la física; el alma es otra cosa, inmaterial. Esta escisión dejará las manos libres a la ciencia (el cuerpo-mecanismo puede estudiarse como un reloj), pero deja una pregunta sin solución: ¿cómo gobierna el cuerpo un alma inmaterial? Sobre esto se debatirán todos los que vengan después.
Descartes partió el mundo en dos — y con ello fijó la agenda de toda la edad moderna. Spinoza intentará fundir de nuevo espíritu y materia en una sola sustancia; Leibniz hará estallar el mundo en mónadas; y Kant, siglo y medio más tarde, volcará la pregunta misma — preguntando no por el mundo, sino por los límites de la razón que lo conoce.