Nació hacia 1491 en el castillo de Loyola, en las montañas vascas del norte de España, el menor de trece hijos de una familia noble, y recibió en el bautismo el nombre de Íñigo. Desde joven soñaba no con oraciones, sino con la gloria militar y los triunfos cortesanos: sirvió como paje, luego como oficial, devoraba libros de caballerías y tenía fama de vanidoso y de genio vivo.
Su carrera militar terminó en un solo día. En 1521, durante la defensa de la fortaleza de Pamplona contra los franceses, una bala de cañón le destrozó la pierna derecha y le rozó la izquierda. Los cirujanos le quebraron y recompusieron el hueso varias veces, para que la pierna no quedara torcida y una cojera no delatara al antiguo galán. Postrado en cama en el castillo de sus mayores, pidió novelas de caballerías — pero los únicos libros a mano eran una vida de Jesucristo y vidas de santos. Por aburrimiento los leyó durante meses, y poco a poco sus fantasías de hazañas de armas empezaron a ceder el paso a otros sueños: los de una hazaña del espíritu.
Apenas repuesto, dejó el castillo como peregrino. En el camino, en el monasterio benedictino de Montserrat, depuso la espada y la daga ante una imagen de la Madre de Dios y regaló sus ropas de noble a un mendigo. Pasó luego casi un año en la villa de Manresa, donde vivía de limosna y oraba largamente en una cueva de las afueras. Allí, entre accesos de desesperación e iluminaciones espirituales, atravesó la conmoción interior que formaría la base de su libro capital, los «Ejercicios espirituales», guía práctica para quien desee comprender su propia alma mediante la meditación, la oración y el examen de conciencia.
De Manresa partió hacia Jerusalén — para venerar los lugares donde Cristo había vivido y muerto, y quedarse allí como misionero. Pero no le permitieron prolongar su peregrinación: los franciscanos responsables de los cristianos de Tierra Santa lo devolvieron a Europa. Fue entonces, hombre ya hecho, pasados los treinta, cuando el antiguo oficial se sentó en un pupitre escolar junto a muchachos jóvenes — para aprender el latín sin el cual no había camino hacia ninguna universidad.
Once años se fueron en estudios en Alcalá, Salamanca y por fin París, donde obtuvo el grado de maestro y latinizó su nombre en Ignacio. En París se congregó a su alrededor un grupo de compañeros afines — entre ellos Francisco Javier y Pedro Fabro —, a quienes condujo por los mismos «Ejercicios espirituales» que él había sufrido en carne propia en la cueva de Manresa. El 15 de agosto de 1534, siete amigos hicieron votos de pobreza, castidad y servicio misionero en una iglesia de Montmartre — y desde ese día se acostumbra a contar la historia de la futura orden.
En 1540 el papa Paulo III confirmó por bula el nuevo cuerpo religioso: la Compañía de Jesús, pronto llamada la orden de los jesuitas. Ignacio, que no mucho antes soñaba con el valor guerrero, se convirtió en su primer general y gobernó la orden desde Roma hasta el fin de su vida, fundando escuelas y colegios, enviando misioneros a la India, al Japón y al Brasil, y transformando la experiencia espiritual personal de un soldado herido en un sistema de educación y de servicio que opera en el mundo entero.
Murió en Roma el 31 de julio de 1556, ya no joven y gravemente enfermo, pero habiendo llegado a ver cómo las pocas decenas de colegios que había fundado crecían hasta formar una red que abarcaba Europa y las colonias de ultramar. En 1622 Ignacio fue elevado a los altares — junto con Francisco Javier, aquel mismo estudiante de París al que un día había conducido, mediante sus propios «Ejercicios», a la misma conmoción que le había sobrevenido a él en el lecho de enfermo de Loyola.