Он родился около 1491 года в замке Лойола, в баскских горах на севере Испании, младшим из тринадцати детей в дворянской семье, и получил при крещении имя Иньиго. С юности он мечтал не о молитвах, а о воинской славе и придворных победах: служил пажом, потом офицером, зачитывался рыцарскими романами и слыл человеком тщеславным и вспыльчивым.
Военная карьера оборвалась в один день. В 1521 году при обороне крепости Памплоны от французов пушечное ядро раздробило ему правую ногу, задев и левую. Хирурги несколько раз ломали и вправляли кость заново, лишь бы нога не осталась кривой и хромота не выдавала бывшего щёголя. Прикованный к постели в родовом замке, он попросил рыцарские романы — но под рукой нашлись только житие Иисуса Христа и жития святых. От скуки он читал их месяцами, и постепенно фантазии о воинских подвигах стали вытесняться другими мечтами — о подвиге духовном.
Едва встав на ноги, он покинул замок паломником. По пути в бенедиктинском монастыре Монсеррат он оставил меч и кинжал перед статуей Богоматери, а свою дворянскую одежду отдал нищему. Затем почти год провёл в городке Манреза, где жил подаянием и подолгу молился в пещере на окраине. Там, среди приступов отчаяния и духовных озарений, он пережил внутренний переворот, который лёг в основу его главной книги — «Духовных упражнений», практического руководства для тех, кто хочет разобраться в собственной душе через размышление, молитву и испытание совести.
Из Манрезы он отправился в Иерусалим — поклониться местам, где жил и умер Христос, и остаться там миссионером. Но продлить паломничество ему не позволили: францисканцы, отвечавшие за христиан на Святой земле, отправили его назад в Европу. Именно тогда, уже взрослым человеком за тридцать, бывший офицер сел за парту рядом с мальчишками — учить латынь, без которой не было дороги ни в один университет.
Одиннадцать лет ушло на учёбу в Алькале, Саламанке и наконец в Париже, где он получил степень магистра и латинизировал своё имя на Игнатия. В Париже вокруг него собрались единомышленники — среди них Франциск Ксаверий и Пьер Фавр, — которых он вёл через те же «Духовные упражнения», что выстрадал сам в пещере Манрезы. 15 августа 1534 года семеро друзей дали в церкви на Монмартре обеты бедности, целомудрия и миссионерского служения — с этого дня принято отсчитывать историю будущего ордена.
В 1540 году папа Павел III буллой утвердил новое монашеское объединение — Общество Иисуса, которое вскоре стали называть орденом иезуитов. Игнатий, ещё недавно мечтавший о воинской доблести, стал его первым генералом и до конца жизни руководил орденом из Рима, основывая школы и коллегии, отправляя миссионеров в Индию, Японию и Бразилию и превращая личный духовный опыт раненого солдата в систему образования и служения, действующую по всему миру.
Он умер в Риме 31 июля 1556 года, немолодым и тяжело больным, но успевшим увидеть, как несколько десятков основанных им коллегий разрослись в сеть, охватившую Европу и колонии за океаном. В 1622 году Игнатия причислили к лику святых — вместе с Франциском Ксаверием, тем самым парижским студентом, которого он когда-то привёл через собственные «Упражнения» к тому же перевороту, что случился с ним самим на больничной койке в Лойоле.