Nestorio nació hacia el año 386 en Germanicia, una pequeña ciudad del sureste de Asia Menor. La teología la aprendió en Antioquía, y aquella era una escuela peculiar: allí se leía la Escritura de modo literal, sobrio, con desconfianza hacia las alegorías, y se sostenía con toda seriedad la auténtica humanidad de Cristo: que Él verdaderamente sufrió, verdaderamente fue hombre. Nestorio se hizo monje y brillante predicador, y en el año 428 el emperador lo elevó al trono patriarcal de Constantinopla. Era la segunda sede en importancia del mundo cristiano. No era un marginal de la periferia, sino la cabeza de la Iglesia de la capital.
El conflicto estalló casi de inmediato. Nestorio respaldó a su capellán, que predicaba contra la costumbre de llamar a María Madre de Dios (en griego Θεοτόκος, «la que dio a luz a Dios»). La palabra turbaba a Nestorio: ¿acaso puede Dios, eterno e inmutable, tener madre? ¿Acaso puede nacer el Creador? Propuso una sustitución prudente: Madre de Cristo (Χριστοτόκος): María dio a luz a Cristo, el hombre en quien habitaba el Verbo divino. A Dios no se le puede atribuir ni nacimiento, ni cuna, ni muerte en la cruz: todo eso pertenece a la naturaleza humana.
Tras la palabra había un principio. Nestorio temía tanto mezclar en Jesús a Dios y al hombre que separaba las dos naturalezas casi hasta el límite: la Divinidad, decía, habita en la humanidad de Cristo, pero habita como en un templo. Los críticos oyeron en ello una división peligrosa: resultaba que en Cristo vivían, por así decir, dos sujetos, que Dios y el hombre estaban uno junto a otro, solo estrechamente unidos. Y si es así, ¿quién murió entonces en el Gólgota? ¿Solo un hombre? Entonces la cruz no salva.
Su principal oponente fue Cirilo, arzobispo de Alejandría. Él insistía en lo contrario: en Cristo hay una sola Persona, una sola Hipóstasis, uno y el mismo Él. Las dos naturalezas, la divina y la humana, están unidas no como vecino con vecino, sino en la unidad de la Persona misma, de modo que del único Cristo puede decirse todo a la vez. Precisamente por eso María es Madre de Dios: dio a luz no a «un simple hombre», sino a Aquel único que es Dios hecho hombre. Rechazar la palabra «Madre de Dios», según Cirilo, significaba partir a Cristo en dos.
La disputa se resolvió en el Tercer Concilio Ecuménico de Éfeso, en el año 431, en la ciudad donde se alzaba un templo dedicado a la Madre de Dios. Cirilo abrió las sesiones sin esperar a la delegación antioquena, aliada de Nestorio; el concilio condenó a Nestorio y lo depuso. Los antioquenos, al llegar, convocaron su propio concilio, un contraconcilio, y condenaron a su vez a Cirilo: por un tiempo sobrevino la escisión. Pero el emperador se puso del lado de Éfeso. A Nestorio lo enviaron al exilio: primero a un monasterio, luego al lejano oasis de Hibis, en el desierto egipcio. Allí, hacia el año 451, escribió la apología «El bazar de Heráclides», insistiendo en que su doctrina había sido tergiversada y en que él mismo creía en un único Cristo. Murió en el destierro.
La historia, sin embargo, no terminó con la condena. Sus seguidores, la Iglesia de Oriente, se fueron más allá de las fronteras del imperio, a Persia, y más lejos hacia el este. Su misión alcanzó la India, donde se fundió con la antigua comunidad de cristianos del apóstol Tomás en Kerala, y llegó hasta la misma China: en el año 635 un predicador llamado Alopen arribó a la capital Tang, Chang'an, y el emperador autorizó la predicación. En el año 781 se erigió allí una estela de piedra en la que, en chino y en siríaco, se describe siglo y medio de cristianismo en el Celeste Imperio. Entre los siglos IX y XIV esta Iglesia fue la confesión cristiana más extensa del mundo por su geografía: la huella de una doctrina que los concilios rechazaron.
Tras la sutil disputa sobre palabras había una pregunta sumamente concreta: ¿cómo están unidos Dios y el hombre en el único Jesucristo? Si las dos naturalezas solo se tocan, si Dios solo habita en el hombre como en una morada, la Encarnación pierde su radicalidad. Dios entonces no se hizo hombre, sino que solo se acercó a él; y la salvación resulta ser no la transfiguración de la naturaleza humana, sino la imitación moral de un ejemplo. El Concilio de Éfeso respondió de otro modo: Dios verdaderamente se hizo hombre, y por lo tanto María es verdaderamente Madre de Dios, porque dio a luz a la única Persona de Dios hecho uno de nosotros.