Несторий родился около 386 года в Германикии — небольшом городе на юго-востоке Малой Азии. Богословие он постигал в Антиохии, а это была особая школа: здесь читали Писание буквально, трезво, с недоверием к аллегориям, и всерьёз держались за подлинное человечество Христа — за то, что Он вправду страдал, вправду был человеком. Несторий стал монахом и блестящим проповедником, и в 428 году император возвёл его на патриарший престол Константинополя. Это была вторая по значению кафедра христианского мира. Он был не маргиналом с окраины, а главой столичной Церкви.
Конфликт вспыхнул почти сразу. Несторий поддержал своего капеллана, который проповедовал против привычного именования Марии Богородицей (по-гречески Θεοτόκος — «Родившая Бога»). Слово смущало Нестория: разве может быть у Бога, вечного и неизменного, мать? Разве может Творец родиться? Он предложил осторожную замену — Христородица (Χριστοτόκος): Мария родила Христа, человека, в котором обитало Божественное Слово. Богу не приписать ни рождения, ни колыбели, ни смерти на кресте — всё это принадлежит человеческой природе.
За словом стоял принцип. Несторий так боялся смешать в Иисусе Бога и человека, что разводил две природы почти до предела: Божество, говорил он, обитает в человечестве Христа — но обитает, как в храме. Критики услышали в этом опасное разделение: получалось, что во Христе живут как бы два субъекта, что рядом стоят Бог и человек, лишь тесно соединённые. А если так — то Кто же тогда умер на Голгофе? Только человек? Тогда крест не спасает.
Главным оппонентом стал Кирилл, архиепископ Александрийский. Он настаивал на обратном: во Христе — одно Лицо, одна Ипостась, один и тот же Он. Две природы, Божественная и человеческая, соединены не как сосед с соседом, а в единстве самого Лица — так, что о едином Христе можно сказать всё сразу. Именно поэтому Мария — Богородица: она родила не «просто человека», а Того единого, Кто есть Бог, ставший человеком. Отвергнуть слово «Богородица», по Кириллу, значило разорвать Христа надвое.
Спор решался на Третьем Вселенском соборе в Эфесе в 431 году — в городе, где стоял храм, посвящённый Богоматери. Кирилл открыл заседания, не дождавшись союзной Несторию антиохийской делегации; собор осудил Нестория и низложил его. Прибывшие антиохийцы созвали свой, встречный собор и осудили уже Кирилла — на время наступил раскол. Но император встал на сторону Эфеса. Нестория отправили в ссылку — сначала в монастырь, затем в далёкий оазис Хибис в египетской пустыне. Там около 451 года он написал апологию «Базар Гераклида», настаивая, что его учение исказили и что сам он верит в единого Христа. Он умер в изгнании.
История, однако, на осуждении не кончилась. Его последователи, Церковь Востока, ушли за границы империи — в Персию, и дальше на восток. Их миссия дотянулась до Индии, где влилась в древнюю общину христиан апостола Фомы в Керале, и до самого Китая: в 635 году проповедник по имени Алопэнь прибыл в танскую столицу Чанъань, и император дозволил проповедь. В 781 году там воздвигли каменную стелу, где на китайском и сирийском описаны полтора века христианства в Поднебесной. Между IX и XIV веками эта Церковь была крупнейшей по географии христианской конфессией мира — след учения, которое соборы отвергли.
За тонким спором о словах стоял предельно конкретный вопрос: как в одном Иисусе Христе соединены Бог и человек? Если две природы лишь соприкасаются, если Бог только обитает в человеке, как в жилище, — то Боговоплощение теряет свою радикальность. Бог тогда не стал человеком, а лишь приблизился к нему; и спасение оказывается не преображением человеческой природы, а нравственным подражанием примеру. Эфесский собор ответил иначе: Бог действительно стал человеком, а значит, и Мария действительно Богородица — потому что родила единое Лицо Бога, сделавшегося одним из нас.