Margarita de Navarra nació el 11 de abril de 1492 en Angulema, Francia, de la rama de Angulema de la casa de Valois — hermana del rey francés Francisco I. Se crió en Amboise, estudió latín y literatura francesa, y aprendió además español e italiano. En agosto de 1508 se trasladó con su hermano a la corte de Luis XII. Entre los maridos que se le propusieron figuraban el futuro rey inglés Enrique VIII y Carlos de Austria, conde de Flandes.
Luis XII decidió casarla con el duque Carlos IV de Alençon. El matrimonio se celebró en octubre de 1509; Margarita aportó una dote de sesenta mil libras. Durante los primeros cinco años del matrimonio vivió en su ducado de Alençon, mientras el marido participaba en diversas campañas militares y veía raramente a su esposa. Murió de pleuresía en brazos de ella, en Lyon, poco después de la derrota en la batalla de Pavía, en abril de 1525.
Profundamente unida a su hermano, Margarita viajó a Madrid en el verano de 1525 para interceder por su liberación tras la derrota de Pavía.
En enero de 1527, esta vez por elección propia, se casó con el joven Enrique de Albret, rey de Navarra. La boda se celebró con gran pompa en Saint-Germain-en-Laye y duró ocho días. Vivió con su marido en Fontainebleau y en París. Su hija Juana de Albret, madre del futuro rey Enrique IV, nació en 1528; un hijo, Juan, nacido en Blois en 1530, murió en Alençon aquella Navidad, a los cinco meses y medio de edad.
Al no hallar felicidad en el matrimonio, y privada de toda parte en la educación de su hija — desde los dos años, por voluntad del rey Francisco I, la niña se crió lejos de sus padres en Plessis-lès-Tours —, Margarita se entregó por entero a la literatura y a la religión. Su modo de ver debía mucho a los protestantes Lefèvre d'Étaples y Guillaume Briçonnet, obispo de Meaux, con quienes mantenía correspondencia.
La corte de Margarita fue un importante centro del humanismo francés. Fue protectora de Guillaume Budé, Clément Marot, Des Périers y otros hombres de letras; ella misma sabía latín (y acaso griego) y ejerció gran influencia sobre muchas de las figuras sobresalientes de su tiempo — en esto se anticipó a las anfitrionas de los salones literarios de los siglos XVII y XVIII.
Tras la muerte de su hermano en 1547, Margarita se retiró al convento de Tusson, donde durante cuatro meses llevó una vida de extrema austeridad, desempeñando las funciones de abadesa. En octubre de 1548 asistió en Moulins a la boda de su hija con Antonio de Borbón.
Murió en Odos el 21 de diciembre de 1549, tras una enfermedad de veinte días, y por deseo de su marido fue enterrada con honores en la catedral de Lescar, cerca del castillo de Pau.
Sus escritos reflejan la intensa búsqueda religiosa y ética que la marcó, y unen un temple meditativo, a veces místico, a cierta sequedad de estilo.
Publicaciones
El espejo del alma pecadora, poema (1531); Diálogo en forma de visión nocturna (1524, publicado en 1533); La nave (1547); La comedia representada en Mont-de-Marsan (1548); una extensa correspondencia con su hermano y con otros (publicada en 1841); La enferma, farsa (1535–1536); Las Margaritas de la Margarita de las princesas (1547); El Heptamerón (1558; la versión completa, libre de cortes ideológicos, no apareció hasta 1853).