Su padre ocupaba un cargo en la administración forestal, y La Fontaine pasó la infancia entre bosques y campos. A los veinte años entró en la congregación del Oratorio para prepararse a las órdenes sagradas, pero dedicaba mucho más tiempo a la filosofía y a la poesía; por confesión propia, lo tenía cautivado «La Astrea» de d'Urfé. Como si fuera un signo, un libreto para la ópera «Astrea» de Colasse resultó ser su última obra — la producción de 1691 fue un fracaso completo.
En 1647 su padre le traspasó su cargo y lo persuadió de casarse con una muchacha de catorce años, Marie Héricart. Se tomó sus nuevos deberes, tanto los oficiales como los domésticos, muy a la ligera, y pronto partió hacia París, donde pasó el resto de su vida entre amigos y admiradores de ambos sexos. Olvidaba a su familia durante años enteros, volviendo a casa solo brevemente y solo por la insistencia de sus amigos. Se conserva su correspondencia con su mujer — la hizo confidente de sus numerosas aventuras galantes. A sus hijos les prestaba tan poca atención que, al encontrarse con su hijo ya adulto en casa ajena, no lo reconoció.
En París La Fontaine conoció un éxito brillante; Fouquet le concedió una pensión generosa. Se alojó primero con la duquesa de Bouillon, y cuando ella murió y él dejó su casa, se topó con su conocido d'Hervart, que se ofreció a acogerlo. «Precisamente hacia allá iba», fue la respuesta candorosa del fabulista. La tradición de que entre 1659 y 1665 mantuvo amistad con Molière, Boileau y Racine parece dudosa; pero entre sus amigos se contaron sin duda el príncipe de Condé, La Rochefoucauld, Madame de La Fayette y otros. Solo la corte real le quedó cerrada, pues Luis XIV no sentía simpatía por un poeta frívolo que no reconocía obligación alguna. Esto retrasó su elección a la Academia Francesa, de la que solo llegó a ser miembro en 1684. En la querella de los antiguos y los modernos se puso, no sin vacilar, del lado de los antiguos. Bajo la influencia de Madame de la Sablière, La Fontaine se volvió en sus últimos años hacia la piedad y renegó de los más frívolos de sus escritos.