Juan Calvino nació en 1509 en la ciudad picarda de Noyon, en la familia de un notario eclesiástico. El padre preparaba a su hijo para la carrera eclesiástica y le consiguió de antemano un beneficio, pero más tarde cambió de idea y lo envió a estudiar derecho, primero a Orleans y luego a Bourges. Calvino recibió formación jurídica, se apasionó por la filología humanista y, por lo que parece, en algún momento de esos años vivió una conversión religiosa de la que él mismo casi nunca habló directamente.
Quedarse en Francia se volvió peligroso: tras la aparición en 1534 de carteles anticatólicos, la represión cayó sobre los protestantes, y Calvino se marchó. En la Basilea suiza, a salvo de las persecuciones, publicó en 1536 la primera edición del libro que determinaría toda su vida posterior: la «Institución de la religión cristiana». Era una exposición sistemática de la doctrina protestante: sobre la Escritura como única fuente de la fe, sobre la pecaminosidad del hombre y sobre la salvación no por las obras, sino por la fe. Calvino seguirá retocando y ampliando este libro hasta el final de su vida.
Ese mismo año de 1536, de paso por Ginebra, fue retenido allí casi a la fuerza por el predicador Guillaume Farel, que lo convenció de quedarse y encabezar la reforma de la iglesia de la ciudad. El primer intento fracasó: las exigencias demasiado duras a los ciudadanos provocaron resistencia, y en 1538 el consejo de la ciudad expulsó a ambos reformadores. Calvino se fue a Estrasburgo, donde sirvió varios años como pastor de la comunidad protestante francesa y se casó con una viuda llamada Idelette de Bure.
En 1541 Ginebra, enfrentada a la inestabilidad política, llamó a Calvino de vuelta, y esta vez en sus condiciones. Consiguió que se aprobaran unas ordenanzas eclesiásticas por las que la vida espiritual y la civil de la ciudad se entrelazaban casi sin distinción. El consistorio, consejo de pastores y ancianos, vigilaba no solo la pureza de la doctrina, sino también la conducta de los ciudadanos: la asistencia a los sermones, los juegos de azar, las tabernas, los bailes y las riñas conyugales.
El núcleo teológico de la doctrina de Calvino fue la predestinación: el destino de cada hombre —la salvación o la condenación— está decidido por Dios desde antes de la creación del mundo, y ninguna obra puede cambiarlo. La idea de que la suerte del alma se conoce de antemano, paradójicamente, no engendraba fatalismo en los seguidores de Calvino, sino que los empujaba a una severa autodisciplina y a una ética del trabajo que más tarde se asociará con el concepto mismo de protestantismo.
El episodio más sombrío del gobierno de Calvino en Ginebra fue la ejecución de Miguel Servet, médico y teólogo español que negaba el dogma de la Trinidad. En 1553 Servet, huyendo de la Inquisición, fue a parar a Ginebra, fue reconocido, arrestado y, por sentencia del consejo de la ciudad, quemado en la hoguera. Calvino actuó como testigo de la acusación en el proceso y apoyó la pena de muerte por herejía, aunque pidió sustituir la hoguera por una ejecución más rápida a espada; el consejo se lo negó. Este episodio sigue siendo hoy la mancha principal en la reputación del reformador, símbolo de hasta qué punto la intolerancia religiosa era la norma común de la época y no un rasgo personal de un solo hombre.
Calvino murió en Ginebra en 1564, dejando tras de sí no simplemente una comunidad, sino un sistema: una organización eclesiástica, un código de reglas disciplinarias y la Academia de Ginebra, fundada por él en 1559, que formaba predicadores para toda Europa. Desde Ginebra el calvinismo se extendió por Escocia, los Países Bajos, parte de Francia y más tarde por el Nuevo Mundo, donde su ética del trabajo y de la responsabilidad personal entró firmemente en la cultura de los países protestantes.