Jenofonte nació en Atenas hacia el 430 a. C., en una familia acomodada que quizá pertenecía a la clase de los caballeros. Su infancia y su juventud transcurrieron bajo la sombra de la guerra del Peloponeso, lo que no le impidió recibir una amplia educación general además de la militar. Desde sus primeros años fue seguidor de Sócrates.
El derrumbe de la Atenas democrática tras su derrota ante Esparta en el 404 a. C. lo presenció Jenofonte siendo ya un hombre hecho, y en las convulsiones políticas que siguieron se puso, al parecer, del lado de la reacción.
Fueron probablemente esas simpatías antidemocráticas las que lo llevaron a dejar su ciudad natal en el 401 a. C. y a unirse, como particular, a la expedición de Ciro. Cuando Ciro cayó muerto y los comandantes griegos fueron masacrados a traición por los persas, Jenofonte fue uno de los seis generales recién elegidos que condujeron la retaguardia en la retirada de los Diez Mil a través de un país hostil.
Recorrió toda la campaña con los mercenarios griegos: el avance sobre Babilonia, la batalla de Cunaxa, la retirada por Armenia hasta Trapezunte y de allí hacia el oeste, a Bizancio, Tracia y Pérgamo. En Pérgamo — elegido general del ejército ya en Mesopotamia, y ejerciendo en Tracia de hecho como su comandante en jefe — entregó a los soldados supervivientes, unos 5.000 hombres, a Tibrón, un comandante espartano que reunía entonces un ejército para la guerra contra el sátrapa Farnabazo. El propio Jenofonte partió hacia Grecia con el rey espartano Agesilao.
En Atenas fue condenado por traición, como hombre que se había pasado a los espartanos, enemigos del pueblo, y sus bienes fueron confiscados. Esto selló el curso posterior de su vida.
En Asia Menor Jenofonte se había hecho cercano a Agesilao; cruzó a Grecia con él y sirvió bajo su mando, tomando parte en batallas y campañas contra los enemigos de Esparta, entre ellos los aliados de Atenas.
Los espartanos lo recompensaron con una finca cerca de la ciudad elea de Escilunte, donde vivió retirado, ocupado en sus escritos, hasta que la guerra entre Tebas y Esparta quebró su paz. Tras la batalla de Leuctra, en el 370 a. C., huyó de Escilunte y a duras penas logró llegar a Corinto. Desde allí renovó las relaciones con su patria, que para entonces se había aliado con los lacedemonios contra Tebas, y la sentencia de destierro que pesaba sobre él fue revocada.
Murió en Corinto hacia el 354 a. C.