С именем Симона Ушакова в истории древнерусской иконописи принято связывать представление о последнем периоде искусства Московской Руси. И творчество его, и сама личность типичны для эпохи коренных перемен: во второй половине XVII века чётко обозначилась ломка средневекового мировоззрения, а вместе с ней — сдвиг в самом понимании иконописного образа. Там, где прежде икона держалась плоскости и знака, у Ушакова лик Христа впервые начинает обретать телесность — округлость подбородка, припухлость губ, живую тень на шее.
Эти новшества особенно отчётливо выразились в деятельности мастеров Оружейной палаты Московского Кремля. Возникшая при государевом дворе ещё в начале века как хранилище оружия, к середине столетия она превратилась в большую художественную мастерскую: сюда стягивались лучшие иконописцы со всей Руси, рядом с ними работали приглашённые иноземцы. Здесь выполнялся огромный объём работ — от росписи храмов и палат Кремля до украшения знамён, карет и бытовых предметов. В этой мастерской более двадцати лет трудился Ушаков, и его работоспособность поразительна: он расписывал стены храмов, писал иконы и миниатюры, чертил карты, делал рисунки для знамён, монет и оружия, гравировал сам. Заказы шли из Москвы, Новгорода, Твери, Ростова, из Троице-Сергиева монастыря.
Свой новый взгляд он изложил в написанном не позднее 1667 года «Слове к люботщательному иконного писания». Мастер восхищается зеркалом, способным в точности воспроизводить окружающий мир, и хочет уподобить ему живописный образ. Следуя этой мечте, он применяет в трактовке ликов светотеневую моделировку — многослойные плави, мельчайшие, едва заметные мазки, дающие плавный переход одного тона в другой. Так рождается та «живоподобная» манера, которой суждено было закрыть целую эпоху.
Он часто пишет Спаса и Богоматерь, мягко моделируя лицо и шею. В иконе «Богоматерь Владимирская (Древо Московского государства)», известной также как «Насаждение древа государства Российского» (1668), он вводит в композицию царя Алексея Михайловича и пытается передать его портретные черты. Известно, что Ушаков писал и парсуны; в интерьере и пейзаже икон он порой пользуется приёмами линейной перспективы, а образцом для фонов ему служит западноевропейская гравюра. Так, в архитектурном пейзаже «Троицы» (1671) он повторил изображение с гравюры, исполненной по картине Паоло Веронезе «Пир у Симона-фарисея».
И всё же переворот здесь лишь наполовину. Древнерусская икона знала иные вершины — одухотворённую невесомость Андрея Рублёва, огненную аскезу Феофана Грека; там телесность была сознательно преодолена ради света. Ушаков идёт обратным путём, но в понимании образа в целом остаётся в рамках средневековых представлений. Его искусство двойственно: новые, «зеркальные» средства служат старому строю мысли. Эта надломленность роднит его с позднегреческими иконописцами вроде Эммануила Тзанеса — мастерами рубежа, стоящими одной ногой в предании, другой уже за его порогом.
В отличие от иконописцев прошлого, Ушаков часто подписывает свои работы, указывая дату и имя. С 1648 по 1664 год он значился знаменщиком Серебряной палаты, с 1664 по 1686-й — жалованным изографом Оружейной палаты. Он возглавлял иконописную мастерскую и оставил множество учеников; особую известность получили Тихон Филатьев и Кирилл Уланов, вслед за учителем искавшие новых форм. Из его наследия наиболее известны иконы в ГТГ и ГРМ — повторения прославленных святынь: образы Богоматери Владимирской (1652, 1662), Донской и Киккской (оба 1668). Сохранились и его гравюры на меди — «Отечество», «Семь смертных грехов», листы к «Житию Варлаама и Иоасафа» и к «Псалтыри» Симеона Полоцкого. За этими подписями и датами уже виден человек Нового времени, желающий, чтобы образ был похож на жизнь.